精密微纳制造技术全国重点实验室落实党的全面领导，实验室重组完成后即同步建立二级实体化运行机构和党组织，切实落实党组织领导下的主任负责制；实验室建立完善的运行管理制度，构建了“党的全面领导、主任全权负责、独立实体化运行、创新生态保障”的四位一体基本运行模式。实现了从行政化管理向实体化、科学化、规范化运行的根本转变，切实践行“开放、流动、合作、竞争”的实验室运行机制，营造了风清气正、勇攀高峰的实验室创新环境。

实验室始终坚持党的全面领导，将党的建设摆在首位，实验室重组伊始即建立党组织，成立了以国家级领军人才李涤尘教授担任书记、二级教授李兵担任副书记（兼组织委员）、实验室办公室主任王鑫垚担任宣传委员（兼纪检委员）的基层党组织，实现了“双带头人”全覆盖。为实验室建设发展提供坚强的思想、政治和组织保障。